Habría ayudado a Pepe si hubiese sabido que tuvo el accidente.
Hubiese ayudado a Pepe si hubiese sabido que tuvo el accidente.
Habría ayudado a Pepe si habría sabido que tuvo el accidente. (incorrecto)
Hubiese ayudado a Pepe si habría sabido que tuvo el accidente. (incorrecto)
La manera más fácil de darse cuenta es pensando en el nombre del tiempo verbal. Se llama condicional, sí. Pero se llama también pospretérito.
O sea necesita, forzosamente, una referencia previa en el pasado. Generalmente, una condición.
Decir "habría" sin una acción pasada de la cual dependa lo que estamos diciendo es lo incorrecto.
También se llama al tiempo verbal "potencial", porque expresa una posibilidad. "Hubiera" no expresa posibilidad.
O sea:
Habría ayudado, si hubiese sabido. = Tal vez hubiese ayudado, si hubiese sabido. (No es seguro)
Hubiese ayudado, si hubiese sabido. = De haber sabido, ayudaba. (100% seguro)
Hubiese ayudado, si habría sabido (incorrecto)
No puedo afirmar algo, basado en algo previo que es una posibilidad, es como decir:
Hubiese ayudado, si tal vez hubiese sabido.
A lo sumo:
Tal vez hubiese ayudado (o habría ayudado), si hubiese sabido.
Acerca del hubiera:
Eso depende de la intención del que habla. Si yo creo que es una posibilidad y no una certeza, tengo que usar habría. El mal uso de habría es siempre el mismo juntarlo con un "si", "cuando", etc. Siempre va después de la condición (temporalmente hablando, no me refiero al orden en la oración).
Para ver la diferencia también sirve usar otro verbo:
Aunque comiese mucho, no dejaría de ser flaco.
Comería si tuviese hambre.
Aunque comería mucho, no dejaría de ser flaco. (incorrecto, no tiene sentido)