とても上手な文章で、言いたいことはちゃんと伝わっていると思います。言い廻しや言葉選びも上級者ですね。ですので、加筆した所はほとんど、よりネイティブ風にするためのものばかりです。

It seems you used 科学 as the opposite to 文系(科目), but that is not natural for us, 工学生 as well. “文系” vs. “理系 or 理工系” might be more natural.

I feel you use “が” and “、”(読点) too frequently. I’m afraid that could make your writing slightly unnatural. Just in my opinion, I basically use は as far as possible, unless “は” is grammatically incorrect, or I chose “が” intentionally for a certain reason. About 読点, I put ( ) on which I think unnecessary, but it’s just kind of style issue.

[修正]　／ others: suggestion

学部の頃に(、)私は工学[を]専攻した。

A bit awkward. I would say: 学部では or 学部の学生の頃
[もちろん、ほとんどは]理系[科目]だった(or を学んだ)。しかし、我ら[工学科生の教育の幅を広げる]ために、いくつかの文系の科目をとらないといけなかった。(or とらなくてはならなかった。)

その時は(or これには)憤慨した。[専攻の]科学(or 理系科目)[に]知らないことがまだいっぱい(or たくさん)あるのに、どうして文系の科目をとらないといけない[のか]と(、)よく考えた。ただ、よくよく考えてみると[(今は)とって]よかったと思う。

確かに、それで、私の科学的知識が(or は)減った。
Grammatically correct and I could guess what you’d say like this:
確かに、文系課目をとった分、理工系科目に使える時間は減った。

でも[その]教育のおかげで、科学のどんなことでも(、)独学(or 独習)できるようになった。だから(better: 結局は)(、)正直[に]言うと(or 正直に言って)大したことじゃ(or では)なかった。

I would rephrase: 時間を無駄にしたと思っていたが、そうではなかった。

逆に(、)文系の知識が少ない[こ]とは厄介な問題だ。文系の教育が(better: は)[工学科の学生 or 理系の学生)にとっても大事だと思う。

まず(は)(、)[文章力*(writing ability)]が大事だ(or 重要だ)。*cf. 言語能力(language ability)
設計者がほとんどの時間を技術系の仕事に費やしても(better: 費やすにしても)、やがてはその仕事の結果(or 成果)をまわりの人に伝える[ことになる]。上司や、決断を下せる人(or 決裁者/責任者)に大事な結果(or 肝心の結論)を伝え[られ]なければ、チャレンジャー号爆発事故のような失敗を招きかねない。

おもいやりの感覚を得るのも大切だと思う。一般人に幸福をもたらすには、一般人に共感する(better: できる)[こと]が大切だと思う[からだ]。そうしないと、[いくら]仕様書を作成して、[?その要件を?]満たしても意味がない[ ]。 Again, grammatically correct but awkward a bid. We could rephrase like:

そうしないと、いくら仕様書を作っても意味がない。

文系の知識[は]科学的な(better: 理系の)仕事に直接(は)使えないかもしれない。でも、設計者には(必要)不可欠だ。文学[や]、哲学[ ]、政治学[といった]科目でもこういった能力[を][上達させることができる or 伸ばせる]のだから、やはり文系の科目をとる(or 学ぶ)の[は]そんなに（or それほど）悪くない(better: 悪いことではない)。

テーマもおもしろくて、読み応えがありました。これからもがんばってください。