Best Answer - Chosen by the Asker
What Matheus said is correct, but it is used in Brazil.
In Portugal we use differently.
1. Porque - Used in interrogative sentences
Why did you do that? - Porque é que fizeste isso?
Why are we here? - Porque é que estamos aqui?
2. Porque - Used when we want to know a reason without using "?"
I would like to know why he is so stubborn. - Eu gostaria de saber porque é que ele é tão teimoso.
3. Porque - Because
He went there because he was the manager. - Ele foi lá porque era o gerente.
4. Por que - Used in questions, but these questions are not about a reason but about a target that is attached to it or not.
Por que lutas? = Por que coisa lutas? = What do you fight for?
Answers:When answering these questions we use "pelo, pela, pelos, pelas, por aquilo em que..."
Por que coisa lutas? - What do you fight for?
Eu luto pelo meu país. - I fight for my country.
Examples:
Why do you vote? - Porque é que votas?
Because I think that is my duty. - Porque eu penso que esse é o meu dever.
What do you vote for? - Por que votas? = Por que coisa votas?
I vote for what I believe. - Eu voto por aquilo em que eu acredito.
What are you waiting for? - Por que esperas? = Estás à espera do quê?
I´m waiting for the rain to stop. - Estou à espera que a chuva pare.
Why are you waiting for? - Porque esperas?
Estou à espera, porque a chuva ainda não parou. - I´m waiting because the rain hasn´t stopped yet.
Pronunciation:
Por que = Porque
Porquê - This is a stressed "Porque"
Honestly I have never heard a question starting only with "por que", because this causes ambiguity. Only written.
If you use the word after "por que", the question would be understandable.
When we are saying "porque é que" in interrogative questions, the meaning is "por que razão / motivo".
Porque é que fizeste isso? = Por que razão / motivo fizeste isso?
Porque me apeteceu. - Because I wanted to.
I hope this helps