Best Answer - Chosen by the Asker
Yeah, ジーン is an onomatopoeia for the state of "(your hands/legs etc.) being numb", but ジーンとする (or ジーンと来る) normally means "to be emotionally touched, moved". cf. 感動する/感激する.
「じーんとする」in Weblio-dictionary: http://thesaurus.weblio.jp/content/%E3%81%98%E3%83%BC%E3%82%93%E3%81%A8%E3%81%99%E3%82%8B