Es verdad que ambas respuestas expresan, en última instancia, lo mismo: no tener una preferencia clara sobre una cosa u otra.
Ahora bien, depende del contexto se utiliza una u otra. Diría más, creo que influye más el tipo de pregunta que hagas.
P.ej.: Si preguntas: "¿puedo fumar?" Yo respondería: "Como quieras, no me importa", con un toque a "no me molesta".
Es verdad que el "me da igual" se suele utilizar más cuando hay varias opciones: "Prefieres cerveza o vino?", Me da igual, las dos me gustan.