"널 볼 수 있는 내 방의 window". This is a noun phrase. The noun "window(창)" is modified by "너를 볼 수 있는 나의 방의"
The word, "너를 볼 수 있는 나의 방(my room where can see you)" is rather awkward and not logical. How can the room see something or someone? It's impossible, you know.
Therefore,
너를 볼 수 있는, 나의 방의 창.
The word group "(내가) 너를 볼 수 있는" modifies the noun, 창, and the word group "나의 방의" also modifies the noun, 창.
What kind of window?
(내가) 널/너를 볼 수 있는 창,
내/나의 방의 창.
So, The phrase, "너를 볼 수 있는, 나의 방의 창" means "the window of my room, of which I am able to see/watch you".