Las dos frases son correctas. Entiendo que la diferencia está en que con la primera, al no llevar artículo determinado (el, la, lo...), puedes comparar tanto en genero masculino como en femenino. Ejemplo: ¿Cuál es mejor perro? Cuál es mejor perra?. Sin embargo la segunda frase, al introducir el artículo el, sólo es correcto utilizarla con el género masculino. Por ejemplo ¿Cuáll es el mejor LBJ o DW?. Si fueran chicas oalguna palabra en género femenino, la pregunta sería ¿cuál es la mejor?. Saludos.