Tutto sommato / malgrado tutto / nonostante tutto - sono espressioni con lo stesso significato. "nonostante" e "malgrado" hanno poi altri usi come preposizioni e congiunzioni (vedi esempi): http://www.wordreference.com/iten/malgrado http://www.wordreference.com/iten/nonostante

Come e` andato il tuo viaggio ? a) Tutto sommato e` stato un buon viaggio. b) Malgrado tutto siamo riusciti a tornare vivi. In (a) stai dicendo in modo implicito, che qualcosa e` andato male, qualcosa e` andato bene, ma che non e` stata una cattiva esperienza. In (b) stai dicendo in modo implicito che ci sono stati dei problemi, ma che sono stati superati. Infatti la conversazione prosegue in due modi diversi: a1) sono contento per te. b1) ci sono stati dei problemi ? Mi dispiace! /malgrado tutto/ fa sempre riferimento a problemi, cose negative, guai, che, in genere sono gia` stati introdotti nel discorso; l'idioma e` di tipo /avversativo/ quindi avversando le cose negative introduce una seconda parte della frase con elementi positivi. /tutto sommato/ NON e` un idioma di tipo avversativo. Si usano a volte in contesti sintattici simili, ma con contesti semantici ben diversi.