まずその3つの中では、「尊」を使って尊敬を表す言い方はとても少ないですし、使う場面、人もとても少ないので、今は考えなくていいと思います。
次に一番よく使うのが「御」です 「御社」(おんしゃ)「御礼」(おんれい)など、とても丁寧に言うときに「おん」と読む場合もありますが、相手の会社を尊敬する「御社」以外は覚えてなくていいと思います。
大切なのは「お」または「ご」と読む場合です。(ひらがなで書くことが多いです)
一般的に言うと、
①中国からきた漢語(漢字の言葉)の前では「ご」
例: ご(御)成長:ごせいちょう ご(御)健康:ごけんこう
②日本に昔からある和語の前では「お」
例: お(御)名前:おなまえ お(御)体:おからだ
しかし例外があって、とても身近で日常的になった言葉については、漢語でも「お」になります。
例: お洗濯:おせんたく お掃除:おそうじ
漢語は 音(おん)読み 和語は 訓(くん)読み をする言葉です。
例えば 長(なが)い→訓読み=和語 成長(ちょう)→音読み=漢語
最後に、「貴」ですが、これも「尊」よりは使いますが「尊」と同じように古い感じのする言い方です。
貴書(きしょ)・貴家(きか)などと言う言葉もありますが、「御社」と同じように相手の会社を尊敬する「貴社」という言い方だけ覚えておけばいいと思います。
以上簡単にまとめると
①「尊」 今は覚える必要はありません。
②「貴」 「貴社」という表現は覚えたほうがいいです。
もし他の言葉を見たときはその時に覚えればいいです。
③「御」 とても大切なので、よくルールを覚えて使えるようにしてください。