¡Hola!
Son equivalentes y puedes usar cualquiera sin preocuparte demasiado :).
Se suelen combinar las fornas acabadas en "era" y "ese" o las acabadas en "ara" y "ase" en una misma oración para que no parezca tan repetitiva (solo es una cuestión de estilo):
Ejemplo:
"Me dijeron que fuera q casa y no fuese al parque"
"Si estuviese de acuerdo te llanaría, si no lo estuviera no"
"Si te ayudaran lo conseguirías, si no te ayudasen quizá no".
Espero haberte ayudado.
^_^