Le subjonctif indique ordinairement un degré de certitude ou de réalité moindre que l'indicatif.
« J'espère qu'il viendra. »
→ Vous êtes plutôt confiant qu'il viendra.
« J'espère tant qu'il vienne ! »
→ Vous n'êtes pas très sûr, vous doutez qu'il vienne.
Reprenons l'exemple que vous citez :
« J'espère que tout va bien. »
→ Vous êtes relativement confiant que tout va bien.
Cette tournure est la plus fréquente.
« J'espère que tout aille bien. »
→ Vous n'êtes pas très sûr, vous doutez que tout aille bien.
Cette tournure est correcte mais plus littéraire.
'Souhaiter' et 'désirer' s'utilisent habituellement avec le subjonctif.
« Je souhaite qu'il se taise ! »
« Monsieur, je désire que vous partiez. »
Dans le doute, vous pouvez vous référer aux modèles suivants :
« J'espère son retour. »
« J'espère voir Venise. »
« J'espère qu'il reviendra. »
« Je souhaite son retour. »
« Je souhaite voir Venise. »
« Je souhaite qu'il revienne. »
« Je désire son retour. »
« Je désire voir Venise. »
« Je désire qu'il revienne. »