If you're asking a male then the question is :
ما هو اسمُ أباكَ ؟ ma huwa ismu abaaka ?
asking a female :
ما هو اسمُ أباكِ ؟ ma huwa ismu abaake ?
you can make "your father, what's his name ?" stucture :
أباكَ ما اسمُهُ ؟ abaaka ma ismuhu ?
or
أباكِ ما اسْمُهُ ؟ abbaki ma ismuhu