Hola!
Creo que muchas veces el "pues" es utilizado como una palabra informal para reemplazar el "entonces" En tus ejemplos:
A) He suspendido matemáticas.
B) Pues haber estudiado más, te lo dije. // Entonces debiste haber estudiado más, te lo dije.
A) Se me ha escapado el tren.
B) Pues haber llegado antes, chico. // Entonces debiste haber llegado antes, chico.
Saludos!