No hay ninguna diferencia en el significado, pero la estructura es diferente.
Me/te/LE/nos/os/LES alegra QUE + subjuntivo
Me/te/SE/nos/os/SE alegro/alegras/alegra/alegramos/alegráis/alegran DE QUE + subjuntivo.
En la primera estructura, "que ..." es el sujeto de la oración. Por eso, "alegra" siempre se conjuga en 3ª persona del singular. En este caso, el verbo es "alegrar" (no reflexivo), así que los pronombres "me/te/le" sustituyen al Complemento Indirecto.
En la segunda estructura, "yo/tú/él, etc." es el sujeto de la oración. Por eso, "alegro/alegras/alegra" se conjuga. En este caso, el verbo es "alegrarSE" (sí reflexivo), así que los pronombres "me/te/se" son los pronombres reflexivos. Con esta estructura es obligatorio utilizar "DE".
A Fer le alegra que estudies tanto español.
Fer se alegra de que estudies tanto español.
Después de estas dos estructuras usamos "que + subjuntivo" cuando el sujeto cambia. Si el sujeto es el mismo, usamos el infinitivo.
Me alegra ser nativo de español (YO me alegro, YO soy nativo).
Me alegro de ser nativo en español.
La estructura "ALEGRARSE DE ALGO" es más común.
Si tienes alguna duda, por favor, pregúntame ^^