¡Hola Yvette! Cuando alguien dice: "No me importa qué habéis dicho sino qué habéis hecho." da a entender que conoce perféctamente lo que han hecho las personas con las que habla. También se podría usar el subjuntivo, pero el significado sería ligeramente diferente: "No me importa lo que digáis sino lo que hagáis". En este caso, La persona que habla no está asegurando que las personas con las que habla hayan hecho o dicho algo. Para la segunda oración hay dos opciones igualmente válidas: (si viene/que venga) "No me importa que Juan venga o no." "No me importa si juan viene o no."