Good question Justin--they really do seem to be used interchangeably at times (so it can be confusing!). Since I'm learning like you I can't give you my opinion, but I'll give you what the dictionary says:
"junak": 1) smeo, hrabar, odvažan, neustrašiv čovek, onaj koji se ističe smelošću, hrabrošću, neustrašivošću (obično u ratu, borbi).
2) a. onaj koji se svojim izuzetnim osobinama i delatnošću izdvaja u određenoj sredini, vremenu ili situaciji, onaj koji je zaslužan za ostvarivanje kakvog velikog poduhvata, ličnost koja učini kakav podvig, centralna ličnost; b. onaj koji se odlikuje izuzuetnim sposobnostima, čvrstinom, odlučnošću u nekom području dealtnosti.
3) ličnost (obično glavna) u umetničkom delu (romanu, propoveci, drami, filmu, i sl.)
"heroj": (grčki) 1.) polubog u grčkoj mitologiji.
2.) a. veliki junak, izuzetno hrabar čovek; b. veliki čovek svoga vremena, veliki duh; c. osoba sa jednom istaknutom vrlinom.
I'm not sure if you can understand it all--if you need it I can give you a rough definition. Otherwise, I'd just say to go with Kamenko's excellent definition.