If you want to ask someone's eye color, "Какого цвета у тебя глаза" is one of the most natural structures. For examp[le, "У меня голубые глаза". Technically, "цвет твоих(ваших) глаз" is the translation of the combination you asked, but it is quite unnatural to say "Цвет её глаз — голубой".