Se puede poner, aunque la forma más natural sería ¿Qué haces? o ¿Qué estás haciendo en este momento?
Por otra parte, se puede decir ¡Tú! ¿Qué haces? (Si quieres llamar la atención de una persona) o también ¿Y tú? ¿Qué haces? Entonces estás señalando y preguntando a una persona en concreto. Sería una forma más correcta que la pregunta ¿Tú qué haces?