Een van de verschillen is in ieder geval dat je 'want' niet aan het begin van een zin kunt gebruiken. De eerst volgende drie zinnen zijn grammaticaal correct, de vierde niet. Let verder ook op de positie van het werkwoord in de tweede en derde zin.
Omdat de treinen niet reden, konden we niet op tijd komen.
We konden niet op tijd komen, want de treinen reden niet op tijd.
We konden niet op tijd komen, omdat de treinen niet op tijd reden.
(fout) Want de treinen reden niet op tijd, konden we niet op tijd komen.
Want leidt dus altijd een bijzin in, en de woordvolgorde is ook die van een bijzin.