You used the words "карандаш", "поезд" and "стол" correctly in the instrumental case, but you made a few mistakes in the second row. There's a correct version: "Они едут в Россию поездом".

1 and 3 is correct, but we can't say about professional artist "рисует", we use "пишет". If you talk about child's drawing (or other amateur) , you can use "рисует". For example Он хорошо рисует карандашом Он пишет замечательные картины 2 better "Они едут по России на поезде" or "Они едут по России поездом".

Он рисует картину карандашом - correct Они Eдут в РоссиЮ поездом Кошка сидит под столом - correct