¿Qué hace el médico? => Es el tiempo verbal presente de indicativo, y en este caso indica acciones que se realizan habitualmente, cotidianamente.
¿Qué está haciendo el médico? => En este caso se emplea el gerundio, terminación "-iendo", con lo cual indica un presente más inmediato, algo que se está realizando justo en el momento.
No obstante en español también podemos usar a veces el presente de indicativo para indicar estados temporales que ocurren justo en el momento en el que se habla.