по - используется как замена слова "с помощью" - хочу сделать заказ еды по телефону/куплю одежду по интернету/приготовлю еду по книге/поговорю с друзьями по скайп
в - используется для обозначения места, в котором вы хотите совершить заказ "в интернет магазине", часто в разговорной речи слово "магазин" не употребляется, потому и говорят "заказать в интернете" но подразумевается "интернет магазин".