As you show the intention to come back, the correct way is:
"Estou indo ao Egito..." instead of "Estou indo para o Egito...".
If you are moving permanently to Egypt, then it's "Estou indo para o Egito...".
So, your phrase should be:
"Estou indo ao Egito em uma viagem de emergência para ajudar meu irmão. Não sei quanto tempo ficarei fora, mas por favor ore por nós."