Ciao.
Si può usare anche da solo.
Un caso è quello delle cosiddette forme di cortesia:
"Buongiorno. Avevo chiamato per sapere se c'erano novità."
"Ero venuto per avere notizie."
In questo caso si usa al posto del passato prossimo che risulterebbe troppo "diretto" e poco "cortese".
Si usa anche da solo quando il verbo con cui va messo in relazione viene sottinteso.
"Non avevo mai sentito questa canzone".
"Non avevo ancora letto questo libro".
Spesso è accompagnato, come in questi esempi, da avverbi temporali.
La differenza con il passato prossimo è, se vogliamo, legata - come per imperfetto e passato remoto - al fatto che l'imperfetto (che è il tempo che compone il trapassato prossimo) è il tempo "dell'uso".
"Non avevo ancora letto questo libro" lo diremo probabilmente parlandone, mentre lo stiamo leggendo.
"Non ho ancora letto questo libro" lo diremo quando un amico ce ne parla, prima quindi che noi lo iniziamo a leggere.