Nesse caso seria 'foram' já que você está falando das Filipinas e ela está em plural. Se fosse por exemplo: A colônia espanhola das Filipinas foi uma capitania geral. Nessa frase é usado 'foi' porque se fala da colônia das Filipinas mas não das Filipinas em si. Ou seja, se a ênfase é dada a palavra Filipinas o verbo será no plural; se é o contrário e enfatiza-se a palavra colônia então o verbo será no singular. Espero não ter te confundido.

Ola J'aimes. O correto é a frase 1. O verbo sempre concorda com o sujeito. Neste caso "As Filipinas".