It is almost the same meaning.
But it's a little different.
잘 보냈어요? -> it used in case of a set period.( for example, vacation or weekend etc.)
잘 지냈어요? -> you meet anyone after long time without a set period.
방학 잘 보냈어요? (o)
방학 잘 지냈어요? (x)
방학 동안 잘 지냈어요? (o)
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두가지 문장은 같은 의미지만, 약간 다르게 사용됩니다.
'잘 보냈어요?'는 방학이나 휴가, 주말 등과 같은 정해진 기간 동안 잘 있었냐는 의미입니다.
(예: 방학 잘 보냈어? / 휴가 잘 보냈어? )
'잘 지냈어요?'는 정해진 기한이 아닌 매우 오랫만에 만났을 경우, 또는 단순한 안부를 물을 때 사용합니다.
(예: 그동안 잘 지냈어? / 잘 지냈어?)