You're correct. In that situation, the subject is "I " and "Xさん" is a hearer. （僕／私は）Xさん／あなたのことを誤解して（い）ない？ （僕／私は）Xさん／あなたのことを誤解して（い）ないよね？ （僕／私は）Xさん／あなたのことを（ちゃんと）理解して（い）る／分かって（い）る？ （僕／私は）Xさん／あなたのことを（ちゃんと）理解して（い）る／分かって（い）るよね？ When the subject is "you " and "Xさん" is a third person, you can also use the same sentence. （あなたは）Xさんのことを誤解して（い）ない？＝（あなたは）Xさんのことを誤解して（い）るんじゃない？

私は、Xさんのことを誤解していない？ is Okay. 私は、Xさんのことを正しく分かっているかな？ and 私は、Xさんのことを正しく理解しているかな？ are correct, too.