¡Hola Yvette!
Cuando alguien dice: "No me importa qué habéis dicho sino qué habéis hecho." da a entender que conoce perféctamente lo que han hecho las personas con las que habla.
También se podría usar el subjuntivo, pero el significado sería ligeramente diferente:
"No me importa lo que digáis sino lo que hagáis". En este caso, La persona que habla no está asegurando que las personas con las que habla hayan hecho o dicho algo.
Para la segunda oración hay dos opciones igualmente válidas:
(si viene/que venga)
"No me importa que Juan venga o no."
"No me importa si juan viene o no."