That's because of the meaning that the second sentence carries. "a los niños" means (in English): "to the children". So, it's an indirect modifier (M.I in Spanish). However, "los niños" in this sentence is used as subject of the sentence. That's why "los niños" is the correct way to say/write it.

Porque la primera oración ¿Qué harán los niños este verano? pregunta por las actividades o lugar donde podrian pasar el verano los niños. Este verano los niños iran a la playa ó este verano los niños tomarán clases de natacion. La segunda oración ¿Que le harán a los niños este verano? pregunta sobre que accion aplicaran otras personas sobre los niños. Por ejemplo Este verano los maestros no dejaran a los niños nadar en el lago ó Este verano las madres prepararan una fiesta para los niños.