заполнять - вписать нужные сведения в бланк, анкету или другой документ
пополнять - это означает прибавлять к недостающему.
наполнять - чаще всего употребляется в отношение какого-нибудь пространства. К примеру "наполнить баллон газом"
выполнять - это действие человека, направленное на осуществление работы, приказа, просьбу, поручение, задание и так далее.