Supongo que lo has visto en una canción infantil.
"las nubes se levantan" significa que se están formando nubes y por lo tanto hay probabilidad de lluvia.
"se levantan nubes" no lo he oído, seria que alguien iza, levanta,alza, sube nubes ??? un poco raro.
Si quieres lo puedo intentar traducir al ingles solamente mándame un privado.