Hola, Nasib. La construcción "Me temo que" es fija. Significa "Lamentablemente", "Desafortunadamente", etc. Como ves, en esos casos el verbo "temer" no expresa una duda, sino al contrario: se trata de una certeza.

En este caso, me cuesta pensar en situaciones "me temo que + subjuntivo". Por contra, "temo que + subjuntivo" es más habitual y quizás ésto sea tu duda. Ejemplos: Me temo que me robaron la cartera. Temo que me hayan robado la cartera. Me temo que no podremos ir a esquiar. Temo que no podamos ir a esquiar. Me temo que no hubo suficientes personas. Temía que no hubiese suficientes personas.

En este caso no expresa dudas, sino como dice Pablo, más bien una certeza. El presente de subjuntivo en temer es cuando dices, por ejemplo: "No temas pareces estúpido por dar tu opinión", o cosas de este género. En este caso la duda está en el interlocutor. Pero el caso que pones no tiene duda, y aunque tampoco expresa certeza total, se acerca a ella. Es como si dijera: "Como no venga pronto un autobús, ME TEMO QUE TENDREMOS QUE TOMAR UN TAXI.

Muchos hablan español perfectamente sin saber nada de gramática, indicativo o subjuntivo, una cosa es la teoría y otra la práctica