Agua y águila son dos sustantivos femeninos, por lo tanto siempre van acompañados de adjetivos femeninos (agua clara, águila pequeña...) Lo que ocurrre, es que empiezan por /a/ tónica (donde ponemos en acento), y por razones de fonética van precedidos por el artículo "el" en lugar de "la".

Palabras femeninas (agua, águila,alma,aula) que empiezan con "a" tónica (las fuerza de la pronunciación en la primera "a") llevan el artículo masculino "el". Ejemplos: el agua fría, pero...las aguas frías. También con "un, algún, ningún". Pero solo con esas palabras. Ejemplos. Ningún águila, algún aula. Pero:esta agua, aquella águila

I had no clue about this rule...I just applied it instinctively, without knowing why. I'll check out and let you know if I find any "easy to understand" explanation. Gracias. PD : all the words ending in "ion" in spanish and french) are feminime. So you should say : en ciertAs posiciones. Have fun !