"Sebbene" introduce una proposizione subordinata concessiva : "Sebbene piovesse, egli decise di uscire". "Seppure" ha invece una connotazione condizionale o dubitativa : "Seppure arriverà in stazione, sarà troppo tardi" . Si tratta di sfumature come puoi vedere. A mio avviso, inoltre, l'utilizzo di "sebbene" è più ampio. Ciao! :)