Cada una se puede utilizar en diferentes contextos, mira unos ejemplos donde se usaría cada una:
+¡Hola!¿Qué haces?
-Tomo café / Tomo un café (Significan lo mismo)
+Todos los días tomo café
-Yo todos los días tomo un café (La diferencia está en que aquí la persona hace énfasis en que solo toma UNA taza de café todos los días)
+¿Ya te tomaste el café? (Este artículo se utiliza para hacer énfasis en que se está hablando de un café en especifico, no de cualquier café)
¡Espero haberte ayudado!