Bueno, esto encontré en el mejor diccionario que conozco:
choupana
(origem controversa)
s. f.
1. Habitação rústica, geralmente de madeira e coberta de palha. = CABANA, PALHOTA
2. [Figurado] Casa muito pobre.
Dice "origen controversial", pero traté de buscar de dónde vino la palabra en otros sitios y descubrí que "choupo" viene del latín vulgar "ploppus" (popular). La "pl" latina se volvió "ch" en portugués. En la lista de palabras derivadas de "choupo" encontré "choupana". Quizás sólo le hayan agregado -ana por analogía con "cabana" (cabaña) y por lo tanto significa "casa popular".