C'est la deuxième variante qui est correcte. 't' sert à lier 2 mots( une consonne à la fin du mot et une voyelle au début du mot). Dan le premier cas, c'est trop, parce que t dans le verbe ''était'' lie déjà une consonne et une voyelle. Alors, vs pouvez poser question par une constuction "Est-ce que": Est-ce qu'elle était arrivée? Il n'y a pas d'inversion.

En général, cette structure interrogative se construit tout simplement en exchangeant la position du pronom et du verbe: était-elle arrivée? vient-il nous provoquer?, viennent-elles ce soir?, demandent-ils d'être écoutés? es-tu la soeur de mon ami? sommes-nous les personnes indiquées pour ce genre de travail?. Mais attention, dans les quatre premiers cas, il faut prononcer le "t", c'est à dire, faire la liaison. Or, quand la conjugaison verbale finit par une voyelle et le pronom commence par une voyelle (il, elle), on ajoute un "t" au milieu pour rendre plus souple et agréable la prononciation: cherche-t-il à nous fâcher?, rentrera-t-elle demain?, sera-t-il capable de le faire?... Alors, dans ton cas, il ne faut pas ajouter un "t" supplémentaire. Tu diras alors "Était-elle arrivée?", en prononçant le "t".