Como casi siempre, la diferencia es que el indefinido es un tiempo absoluto, no depende de ninguna otra acción, mientras que el imperfecto es relativo, está condicionado por otra acción.
a.- Yo estuve comiendo....es un discurso completo
b.- Yo estaba comiendo....es incompleto, esperamos que nos diga qué pasaba mientras comía o algo parecido. Yo estaba comiendo cuando se incendió la cocina.