Дело в том, что в этом случае "да" - это вводное слово, которое не обозначает согласие.
Да нет.
Да не может быть!
Да когда ты перестанешь?!
Полагаю, что в этих случаях "да" легко можно заменить на "ну", например.
Ну да
Ну не может быть!
Ну когда ты перестанешь?!
Смысл будет один.
"Да нет" - это "нет", но с некоторой долей сомнения, то есть не твердое, решительное и резкое "нет", а мягкий такой отказ, возможно, вызванный обстоятельствами, не зависящими от человека.