Yo le pondría dos comas:
"El Lazarillo tuvo que ser escrito hacia fines de 1525 o principios de 1526; sólo entonces, cuanto el libro contiene, adquiere sentido lógico, inequívoco, literal.
De esta forma, "cuanto el libro contiene" es información adicional a la frase: "sólo entonces adquiere sentido lógico, inequívoco, literal".