Como te dijeron antes. Pura agua estás diciendo que tomaste SOLO agua, no soda o jugo, pura agua.
Ejemplo: Como estoy enfermo del estómago, el doctor me dijo que tomara líquidos, por lo tanto, he tomado pura agua todo el día. (Estás enfatizando que solo agua, no tomaste otro tipo de líquidos)
Agua pura, lo utilizas para decir que el agua es totalmente pura, no contiene sólidos ni está sucia.
Ejemplo: Ohh, esta agua está muy refrescante, se nota que es agua pura.
Espero haberte podido ayudar un poco mas a entender la diferencia.
Muchos saludos.