確かに通常の挨拶としては不自然です。しかし、12時頃でもsharonさんが起きたばかりだとその友達が思ったのなら、「おはよう」という状況もありえます。場合によっては、お昼まで寝ていたので皮肉が込められることもあります。私も実家でお昼まで寝ていて、起きたときに朝から家事をしていた母におはようと(皮肉を込められて)よく言われました。
また、昼夜問わず仕事が始まる職種では、どんな時間でも「おはようございます」という場合もあるそうです。放送業界が有名ですが、居酒屋やガソリンスタンドでもそういう場合もあるそうです。その友達がアルバイトでいつも言う癖が出たのかもしれません。