「~助」は、「ちび助」や「飲み助」のように、ある言葉の後につけて人名化した語を作るもの(接尾語)なので、対象となる人が男性でも女性でも関係なく使うことができる表現です。ただ、一般的な人名としては「~助」が付くのは男性の名前なので、呼び方としては男の子の名前っぽく聞こえます。
私が「窓ぎわのトットちゃん」を読んだのは何十年も前なのでどういう内容だったのかよく覚えていませんが、たぶん、トットちゃんがおてんばだったので、パパはトットちゃんをからかうような気持ちでトット助と呼んでいたのでしょう。
もう一つ付け加えると、「~助」は古い表現なので、現在では若い人はほとんど使わないと思います。
似ている表現に「~兵衛」(~べえ)というのがあります。例えば、飲兵衛(呑兵衛)(のんべえ)や「助兵衛」(すけべえ)のような表現です。
昔は、どこの誰だかわからない人に対して、冗談として「どこのだれ兵衛さんですか?」(どこのだれですか?)という聞き方をすることもありましたが、これも、今の若い人は使わないでしょう。