Wikipedia sagt (
http://de.wikipedia.org/wiki/Amerikaner_%28Geb%C3%A4ck%29):
Zum Ursprung des Namens „Amerikaner“ existieren verschiedene Mutmaßungen: Der Name leite sich von „Ammoniumhydrogencarbonat“ her, dem in den Teilchen benutzten Backtriebmittel; daher, dass GIs nach dem Zweiten Weltkrieg die Zutaten für einen Cake nach amerikanischer Art in Deutschland nicht fanden und daher den Amerikaner kreierten; das Gebäck Black and White Cookies sei während der 50er Jahre aus den USA nach Deutschland gekommen und die Deutschen, die Black and White Cookie schwer zu sprechen fanden, das Gebäck schlicht „Amerikaner“ nannten. Der Ursprung des Namens ist aber nicht eindeutig belegt.
Mit anderen Worten, man weiß es nicht, und es gibt, wie immer bei so etwas, verschiedene hübsche Legenden. Die Variante mit "Ammoniakaner" scheint mit eher unwahrscheinlich -- Gebäck mit diesem Namen verkauft sich nicht so richtig gut.