Me gustaría subrayar que las dificultades del español son muy distintas, dependiendo de la lengua natal del aprendiz. Por ejemplo, para un francófono, las dificultades que señala Juan Carlos no son tan relevantes, como para un anglófono, quien, además de lo mencionado, tiene que acostumbrarse al uso de más artículos y a un distinto orden de ciertas palabras: el adjetivo antes que el sustantivo, y el adverbio que puede ir después del verbo o en otro lugar de la oración. 

En mi experiencia: 

Tiempos verbales sobre todo los que se refieren al pasado.

Preposiciones sobre todo: por, a, en, para, desde y de.

Los verbos reflexivos.

El verbo ser y estar, incluso en estudiantes y hablantes avanzados.

La aplicación de los adjetivos calificativos antes o después del sustantivo.

La pronunciación de la "RR". 

De alguna forma, la flexibilidad de la sintaxis.

Mis amigos que son de nivel avanzado dicen que el subjuntivo es el más difícil tema pero yo persoalmente tengo problemas con  los tiempos verbales. Como tú sabes me molesta elegir entre indefinido y imperfecto.  En este caso, mi lengua materna es totalmente diferente de (o a) español.

Soy un estudiante de nivel medio y casi no sé nada de los subjuntivos.

Saludos 

El español tiene muchas cosas que el inglés no las tiene:

1. Los adjetivos pueden ser masculinos o femeninos (atractivo/atractiva; pequeño/pequeña; alto/alta)

2. Algunos participios también (él estaba ocupado/ella estaba ocupada; él era mi amado/ella era mi amada)

3. Conjugación verbal: en todos los tiempos como presente, pasado y futuro cambia la desinencia del verbo (ejemplo: verbo amar: yo amo (presente); yo amé (pasado perfecto); yo amaré (futuro)), en los verbos irregulares cambia todo el verbo (yo soy; yo era; yo seré). En general los verbos terminados en -ar son más fáciles de conjugar, ya que en casi todos cambia la desinencia.

4. Artículos (definidos: el, la, los, las; indefinidos: un, una, unos, unas): la gran mayoría de las personas que estudian español tienen problemas con esto. Como en el inglés existe el "the" y "a (o an)" se confunden con los géneros: a veces dicen "la camión" cuando lo correcto es "el camión", "el siila" cuando es "la silla".

5. La ortografía (como dice Pedro): debo admitir que hasta yo me equivoco escribiendo algunas palabras, jejejeje, sólo hay que aprender bien las palabras.

Eso no más.

Personalmente pienso que mucha gente cuando empieza a aprender Español, tiene muchas dificultades en diferenciar el verbo ser y estar