En Colombia nunca se dice tomar desayuno o tomar almuerzo, por eso hay verbos como desayunar, almorzar y cenar.

Al menos en Colombia es más común decir tomar que beber. Voy a beber un café, no es muy común que alguien diga eso, por ejemplo. 

Beber solo significa to drink ,  tomar aparte de signicar to drink también tiene otros usos.

Algunos ejemplos con tomar:

Tomar fotos/ taking photos.

Debo tomar una decisión/ I must make a decision.

Cuánto tiempo te tomará para que tu  tomes esa decisión?/ how long it will take for you to make that decision?

Si no me tomas en serio entonces toma tus cosas y largate/ if you do not take me seriously then take your things and get out.

The sentence: "Qué toma usted?" was transleted as "What are going to drink?"

Beber means to drink

Tomar has others meanings, depends on the sentence.