Asumiendo el contexto de "lo entendí y eso que fue dificil" vs "lo entendí aunque fue dificil"... Las dos formas se usan para "unir" dos declaraciones contrastantes pero; "aunque" simplemente implica que una declaracion opone a la otra, "y eso que" implica que la segunda opone a la primera pero no es relevante para el significado. Entonces, en el ejemplo que di puedes usar ambas y tendrian basicamente el mismo significado, pero el caso de ser equivalentes aunque seria "mas formal". Podrias decir algo como "llege temprano y eso que sali tarde" / "llege temprano aunque sali tarde" y tambien podrias decir algo como "sali tarde aunque llege temprano" pero no algo como "sali tarde y eso que llege temprano". It's similar to the difference between "but" and "although" in english :P

Bueno, primeramente "Además" es un adverbio de cantidad y viene a expresar la idea de añadir algo a lo dicho anteriormente. Por ejemplo: "Estoy muy contento, además de entretenido". "Aunque" es una conjunción y como todas cumple la función de relacionar algunos elementos de la oración para darles más sentido. Es un poco más compleja de explicártelo. Pero básicamente se usa al principio de una frase que añade o matiza a otra oración o idea principal que estamos expresando. Por ejemplo: "Iré a verte, aunque no te lo mereces". "aunque" (= althoug, even if) "además" (= also, moreover, additionally)

"y eso que" cuando la explicacion que esta dando la persona no tiene relacion con el asunto "aunque" cuando se añaden posibles razones o motivos por lo cual sucedio o se realizo algun evento

''Y eso que'' es una expresión mal dicha