1. "Когда я окончила университет" — используется в составе сложноподчинённого предложения в качестве придаточного предложения и показывает соотнесённость во времени действия, выраженного в главном предложении. Таким образом смысл таков: "в то время, когда окончила университет".
"по окончании" ознаначает то же самое, тут перед вами другой грамматический способ выражения того же смысла. То есть опять же, показывается совпадение момента времени действия в главном предложнии с окончанием университета. Разница в смысле отсутствует, имеется лишь стилистические различия касательно употребления в реальном контексте.
И, наконец, "после того, как я окончила". Здесь внимание акцентируется на том, что действие главного предложения происходит после действия придаточного. То есть, в отличие от первых двух примеров, имеется в виду не одновременность, а последовательность действий.