"Er hat mich begriffen" klingt tatsächlich ungewöhnlich. Gut klingt aber wieder: "Er hat begriffen, was ich gesagt habe." Und sogar: "Ich begreife Dich nicht". Ursache: man "begreift" konkrete Inhalte, z.B. einen Satz, eine Theorie, ein Konzept, oder auch eine vermeintlich gleichartige Menschengruppe z.B "die Frauen", "die Jugendlichen". "Verstehen" kann genau so verwendet werden, aber auch etwas allgemeiner. "Ich verstehe dich" kann heißen, "ich verstehe den Inhalt dessen, was du sagst", aber auch "ich verstehe, wie du dich gerade fühlst" oder "ich verstehe deine Einstellungen zu bestimmten Themen". "Ich begreife dich nicht" scheint mir ein Spezialfall des Begreifens einer Menschengruppe zu sein. Bei der Verneinung scheint es wohl auch in der Einzahl zu funktionieren. Aber ich bin mal gespannt, was andere Muttersprachler dazu sagen.