Dejame reformular la pregunta de una forma mas visual.
A: ¿Es una broma?
B: ¿Qué cosa es una broma?
A: 'Lo' que acabas de decir (o 'lo' que me dijiste ayer por telefono, etc), ¿es una broma?
B: No, no 'lo' es.
Espero que quede claro, la pregunta es sobre 'lo' que se dice. No tiene nada que ver que broma sea femenino (la), nadie preguntaría si la propia broma es una broma :)